虽然Apktool反编译软件是开发人员常用的工具，但是需要注意安全性，因为可以用来反编译其他人的应用程序，这就可能涉及到安全性问题。而且需要一定的技术知识和经验，简单来说就是学习成本高。
对于没有反编译经验的初学者来说，需要了解Java、Android应用程序结构、Smali语言和相关工具等知识，才能更好地使用和理解该工具。使用过程中需要遵守法律和道德规范，以免引起法律问题。
听说Apktool反编译的代码可能会与原始代码有所不同，这可能会导致某些情况下无法完全还原原始代码。例如，无法还原ProGuard混淆后的代码，开发人员需要通过其他方式进行还原和修改。
